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1946年，由谢元甫教授和吴阶平院士在北大医院建立泌尿外科。
1949年，吴阶平院士在北大医院开设3张泌尿外科专业病床。
1959年，成立泌尿外科病房，设36张病床。
1964年，建立泌尿研究室，吴阶平院士任主任。
1978年，建立北京医学院泌尿外科研究所，吴阶平院士为首任所长。
1986年，更名为北京医科大学泌尿外科研究所，顾方六教授任所长，吴阶平院士任名誉所长。
1988年，病床增至71张
1989年，被国家教委评为国家唯一的泌尿外科重点学科。
1992年，郭应禄院士任所长。
1994年，首批进入国家高等院校“211”工程。
1995年，成立北京医科大学泌尿外科培训中心，郭应禄院士任中心主任。
1999年，成立北京医科大学男科病防治中心，郭应禄院士任主任。
2000年，更名为北京大学泌尿外科研究所，被评为北京市重点学科。
2001年，被评为教育部重点学科。
2002年，那彦群教授任泌尿研究所所长；吴阶平院士任终身名誉所长；郭应禄院士任
名誉所长。潘柏年教授任泌尿外科科主任。
2002年，搬入新病房楼，共三个病房，床位增至105张。
2003年，何志嵩任常务副所长，李鸣、辛殿祺任副所长。
2006年，金杰教授任北京大学第一医院副院长。2008年任泌尿研究所所长。
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北京大学泌尿外科研究所暨北大医院泌尿外科是新中国泌尿外科事业的发源地和领导者，是由我国泌尿外科奠基人吴阶平院士于1978年亲自创立的，经几代人的不断努力，至今已发展成为拥有吴阶平和郭应禄两代院士，集医、教、研、防于一体国际知名、国内领先的泌尿外科中心。现任所长那彦群任中华医学会泌尿外科分会主任委员。
